本系創立於民國五十九年，原名為畜牧學系，由台灣企業養豬的先驅人物--戈福江教授擔任第一任系主任；民國八十一年更名為畜產學系。九十三學年度起經教育部核准，正名為「動物科學系」。本系至今培育了46屆共1,996位畢業生，分別在動物科學相關領域的產、官、學、研各界，發光發熱，扮演舉足輕重的角色。歷屆系主任依屆別為：戈福江教授、徐量如教授、翁森昌教授、黃以珪教授、林棟雍教授、王淑音教授、羅玲玲教授。現任系主任為張春梵副教授。本系之教育宗旨在應用遺傳育種、動物生理、動物營養與飼養、動物產品加工及生物科技之知識與技術，培育經濟動物與伴侶動物之「動物科學技術」與「動物生產管理」人才，以增進全球化動物科學與生產領域之學術研究與產業發展。
本系現有7位具博士學位的專任教師，包括1位教授、1位副教授及5位助理教授。系上每位教師都學有專攻，在教學、研究與產業推廣領域發揮所長。本系教師共主持與執行科技部、農委會等相關部會計畫共11件；發表期刊學報論文9篇(SCI期刊論文2篇)；研討會論文13篇；通過專利6件；指導3位研究生論文；擔任國內外5個期刊的編審；服務校內外機構93件，在教學、研究與產業推廣展現相當的能量，也帶動系上同學參與研究與推廣工作的風氣，提升同學們相關研究的能力。
在研究設備方面，本系有綜合教學、生物化學、微生物、產品加工、遺傳學等實驗室及動物飼養室、實習雞舍等設施；並有學校提供之有機化學實驗室供學生實習學習之用。教師研究室則有畜產化學、生理與生技、種原特用、遺傳與育種、反芻動物營養及生物醫學材料研究室等。各實驗場所之專業儀器設備新穎齊全且維護良好，提供師生優良之教學研究環境。
