本系創立於民國五十九年，原名為畜牧學系，由台灣企業養豬的先驅人物--戈福江教授擔任第一任系主任；民國八十一年更名為畜產學系。九十三學年度起經教育部核准，與時俱進更名為「動物科學系」。本系至今(113年)培育了50屆共2,149位畢業生，分別在動物科學相關領域的產、官、學、研各界，發光發熱，扮演舉足輕重的角色。歷屆系主任依屆別為：戈福江、徐量如、翁森昌、黃以珪、林棟雍、王淑音、羅玲玲；現任系主任為張春梵。本系之教育宗旨在應用生物科技、動物生理與保健、動物營養與飼養、動物產品加工、及遺傳育種之知識與技術，培育經濟動物與同伴動物之「動物科學技術」與「動物生產管理」人才，以增進全球化動物科學與生產領域之學術研究與智慧產業發展。
本系教師分別學有專攻在於生物科技、動物生理與保健、動物營養與飼養、動物產品加工、及遺傳育種之知識與技術，在於教學、研究與產業推廣領域發揮所長。本系教師主持與執行國科會、農業部等相關部會計畫，在教學、研究與產業推廣展現相當的能量，也帶動系上同學參與研究與推廣工作的風氣，提升同學們相關研究的能力。
在研究設備方面，本系有綜合教學、生物化學、微生物、食品加工、遺傳學等實驗室及動物飼養室、實習雞舍等設施；並有學校提供之普通化學、有機化學實驗室供學生實習學習之用。教師研究室則有畜產加工化學、生理與生技、種原特用、遺傳育種、反芻營養及營養生理研究室等。各實驗場所之專業儀器設備新穎齊全且維護良好，提供師生優良之教學研究環境。
